新疆野苹果是我国珍贵的第三纪孑遗植物，具有丰富的抗性基因资源价值，对今天我国的栽培苹果品种培育有重要作用，但其生存现状有待改善。资料显示，最近60年来，新疆野苹果在新疆的分布区面积一直在缩减，部分县域的分布区面积甚至仅有60年前的三分之一，还有继续缩减的趋势。虽然在过去的20年间，退耕还林和天然林保护工程等项目的实施，减弱了农田开垦和树木砍伐对新疆野苹果野生种群的不利影响，但过度放牧仍旧存在。同时，苹果小吉丁虫等林业害虫也在危害着新疆野苹果，而在新疆野苹果附近栽培苹果，也会影响新疆野苹果的基因多样性。
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