棉花花朵的子房包含着未来会发育成棉籽的胚珠。棉花开花授粉后，胚珠的表皮细胞开始分化，一部分向外凸起伸长，发育成棉纤维，胚珠本身受精后发育成种子（棉籽）。棉纤维是主产品，广泛应用于纺织工业；棉籽传统上被视为副产品，实则浑身是宝——棉籽仁可以榨油，残渣（棉籽粕）是优质的蛋白质饲料原料。棉纤维和种子的发育同时进行，共享母体植株供给的营养与能量。前期大量研究表明，许多影响纤维和种子最终表型的基因均在胚珠发育早期集中表达，此时代谢活动也极为旺盛，决定了后续纤维的产量、品质和种子的营养价值。
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