传统基因组学将不同碱基以线性的形式存储于染色体上，并且多基于一个参考基因组来获取一个物种的基因信息。但是，线性基因组不能同时体现一个物种中不同个体的遗传变异情况，而且大片段的插入、缺失、拷贝数等变异类型也无法有效鉴定。而图形基因组的出现正好解决了这一难题。它突破了传统线性基因组只能存储一个个体遗传信息的局限性，可以存储、展示某类群中不同个体的遗传变异信息，从而真正代表一个类群的遗传信息。
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